申请后skeletonization在图像上()，
我想使用 python 测量骨架的最长分支或脊柱。 ImageJ 有几个工具可以完成这项工作，一个是 Measure_Skeleton_length , 另一个是 AnalyzeSkeleton . python 中的任何工具或建议？
最佳答案
这是对原始问题的一个很晚的答复，但以防万一仍然有需要的人最终可能会阅读这篇文章。有一个名为 FilFinder (pip install fil_finder) 的用于分析骨架的很棒的 python 包，它优雅地解决了这个问题。以下是从他们的 tutorial 中采用的代码
import numpy as np
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
from fil_finder import FilFinder2D
import astropy.units as u
skeleton = ... #in numpy array format
fil = FilFinder2D(skeleton, distance=250 * u.pc, mask=skeleton)
fil.preprocess_image(flatten_percent=85)
fil.create_mask(border_masking=True, verbose=False,
use_existing_mask=True)
fil.medskel(verbose=False)
fil.analyze_skeletons(branch_thresh=40* u.pix, skel_thresh=10 * u.pix, prune_criteria='length')
plt.imshow(fil.skeleton, cmap='gray')
plt.contour(fil.skeleton_longpath, colors='r')
plt.axis('off')
plt.show()
输出
关于python - 想法如何使用python测量骨架的长度，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/33979742/