linux - 水平组合多个文本文件

Question

在一个目录中有多个制表符分隔的文本文件，文件名中包含相同的字符串:“cnv_data.txt” 我想将这些文件横向合并。这是 Perl 脚本的一部分。每个文件的行数和列数相同(11 列和 52 行)。以下是所需输出的示例:

File0ne_cnv_data.txt
 SampleID: sample1
CHROM   POS        FUNC1.gene
chr1    11174372    MTOR


Filetwo_cnv_data.txt
 SampleID: sample2
CHROM   POS        FUNC1.gene
Chr2    1608066     MYCN



Combined_cnv_data.txt                       
SampleID: sample1                   SampleID: sample2       
CHROM   POS       FUNC1.gene        CHROM   POS       FUNC1.gene
chr1    11174372    MTOR            chr1    65310459    JAK1

我试过:

my $cmd23 = `paste *final_cnv_data.txt >> $combined_CNV`; print $cmd23;

还有:

my $cmd23 = `cat *final_cnv_data.txt >> $combined_CNV`; print $cmd23;

但是最后的文件是空白的。

还有其他方法可以实现我的要求吗？

谢谢

Answer 1

尝试如下。

my @ar = <*.txt>; #This is called glob
my %hash;
foreach my $files(@ar)
{
    open my $fh, "<", $files or die "Error opening $!";;
    while (<$fh>)
    {
        chomp;
        $hash{"$."} .= "$_\t";

    }
}
foreach (sort{$a<=>$b}keys %hash)
{
    print "$hash{$_}\n";
}

使用glob 将所有.txt 文件存储在数组中.

然后，在 perl 中 $. 特殊变量给出文​​件中的当前行号。 只需创建哈希，键是行号，值是行的数据。

.= 这意味着串联。因此，只需将下一个文件值附加到同一行位置即可。