regex - grepping shell脚本中包含特殊字符的变量

Question

我试图根据存储在 bash 脚本变量中的模式从文件中 grep 出一些行，该变量可能包含 (, ), [ 或 ]。我使用不包含特殊字符但使用 ( 或 ) 的模式获得所需的输出，我得到空白输出并使用 [ 或]，我收到以下错误: grep:字符类中的范围乱序

模式文件示例:

14-3-3-like protein B
14-3-3-like protein B (Fragment)
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

输入文件示例:

seq1    gi|703124372    380    285    +    2e-154    14-3-3-like protein B    sp
seq2    Q96451    69    51    +    3e-16    14-3-3-like protein B (Fragment)    sp
seq3    P0AAI5    104    84    -    4e-20    3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2    sp

我的代码如下:

if [ $@==0 ]
    then echo -e "\nUSAGE: $0 [pattern file] [in file] > [out file]\n"
    exit;
else
    while read line; do
            echo -e "Pattern: $line"
            grep -P "\t$line\t" $2
            echo -e "\n"
    done < $1

输出示例:

Pattern: 14-3-3-like protein B 
seq1    gi|703124372    380    285    +    2e-154    14-3-3-like protein B    sp
Pattern: 14-3-3-like protein B (Fragment)    sp
Pattern: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
grep: range out of order in character class

我试过使用 grep -Fw 但这也没有给出所需的输出.. 我还尝试用 \( 和 \[ 代替 ( 和 [ 但这也行不通..

知道我怎样才能做到这一点吗？除了 grep，还有什么我可以使用的吗？

Answer 1

tab=$(echo -e \\t)
grep -F "$tab$line$tab" $2

编辑: 另请参阅@anubhava 的建议:grep -F $'\t'"$line"$'\t' "$2"