linux - 如何选择目录中的所有文件并运行命令

Question

我想从工具运行命令来合并我的文件

http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html#Split

java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j file1.vcf file2.vcf file3.vcf ...  > huge.out.vcf

我有 400 多个文件，所以一个一个地输入可能是错误的。

我试过这样的东西

 find -name "*.vcf" | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j > comb.vcf

这是我遇到的错误

Error: Cannot 'join' less than two files.
SnpSift split -j
SnpSift version 4.1k (build 2015-09-07), by Pablo Cingolani

Usage: java -jar SnpSift.jar splitChr [-j] [-l <num>] file.vcf [file_2.vcf ... file_N.vcf]
Options:
    -j         : Join all files in command line (output = STDOUT).
    -l <num>   : Split by 'num' lines.
    Default    : Split by chromosome (one file per chromosome).

我在其他工具上使用过这个“find -name”，它似乎有效。

所以我的问题是，如何选择目录中的所有文件并运行命令。

Answer 1

你可以试试:

java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j file*.vcf

Bash 会将文件*.vcf 展开为当前目录中与文件*.vcf 匹配的所有文件。

请注意 linux 对命令的长度有最大限制(大约 3MB)。

如果你想使用查找(给你更细粒度的选择)，你可以使用这样的东西:

find . -exec java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j {} \+

这里的“{}”替换为find找到的文件，\+表示:

the -exec action runs the specified command on the selected files, but the command line is built by appending each selected file name at the end