cat samtry.txt | grep -c NH:i:1
请参阅下面的三行示例。大胆的信息才是最重要的
HWI-ST697:178:D1U9CACXX:1:2111:12787:5687 153 scaffold_1 33005 50 101M * 0 0 GACTAAGGAAGTCATCTGCAGTGCCCCTTGCACTTCCTAATGGGACTTTCCCTGGTTGACTATTCTTACTATGAGAACAATGAGCACCAGCTTCATTCACA DCDDDDDDDDDDDEEEEEEEEFGHGJIHGHFHJIJIJJIJJJJIHJJIJIIIFJJIGGGIJJJIIJJHIGJIJJJGHJJIJIJIGFJJGHHHHFFFFFCCC AS:i:-11 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:2 MD:Z:18T26G55YT:Z:UU **NH:i:1**
HWI-ST697:178:D1U9CACXX:3:1310:18383:72540 89 scaffold_1 33005 50 101M * 0 0 GACTAAGGAAGTCATCTGCAGTGCCCCTTGCACTTCCTAATGGGACTTTCCCTGGTTGACTATTCTTACTATGAGAACAATGAGCACCAGCTTCATTCACA DDDDDDDDDDDDDEEEEEEFFFHHHIIJJIIIJIJJJJJJJJJJHJJJJJJJJJJJJJIJJJJJJJJIJJJIJJIJJJJJJJJIHFJJHHHHHFFFFFCCC AS:i:-11 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:2 MD:Z:18T26G55YT:Z:UU **NH:i:11**
HWI-ST697:178:D1U9CACXX:7:1212:17559:76798 89 scaffold_1 33007 50 101M * 0 0 CTAAGGAAGTCATCTGCAGTGCCCCTTGCACTTCCTAATGGGACTTTCCCTGGTTGACTATTCTTACTATGAGAACAATGAGCACCAGCTTCATTCACAAG DDDDDDDDDDDDDEEEECDFFHGHIGJIIHJJJIIJJJJJJHHJJJJJJJJJJJIIIJJJJGIIGBJJIJJJJIJJJJJIHHHFJJIJHHHHGFFFFFCCC AS:i:-11 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:2 MD:Z:16T26G57YT:Z:UU **NH:i:1**
我正在尝试使用 shell 脚本来计算包含以下正则表达式的制表符分隔文件(测试文件:samtry.txt，包含 10 行测试)中的所有行NH:i:1
问题当然是我得到了我想要的信息；但它也会计算具有以下结果的行:NH:i:1x(其中 x 是任何可能的数字:0-9)
NH:i:x(x = 直到 50 左右的任何数字)的位置在文件的每一行中 20，它不是该行的最后一个位置。每行有 23 个“位置”。
有谁知道如何使用 grep 或其他工具执行此操作？
我有大约 100 个文件，每个文件的大小都在 3GB 左右，我不知道如何解决这个问题
我希望我能提供足够的信息，我很高兴每一个答案
最佳答案
尝试使用单词边界的 grep:
grep -c '\<NH:i:1\>' samtry.txt
或 grep -w:
grep -wc 'NH:i:1' samtry.txt
关于regex - grep -c 值 NH :i:1 only for every line in file, 也不是 NH:i:12，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/20078285/