我希望使用 awk 语句或 Python 从长格式转置文件。
我的输入文件看起来像这样;
ID Chr_Position Geno
111 1_1234 0
111 1_12345 1
111 1_2345 0
111 2_23245 2
我需要的输出是(不一定需要标题)
ID 1_1234 1_12345 2_2345
111 0 1 0 2
112 1 1 1 1
113 1 1 0 2
它们是大文件,超过 100,000 个 ID,每个 ID 超过 10,000 行,但如果需要可以拆分成更小的文件。 我有以前的代码可以转置行和列,但不确定如何从长格式中获取它。
最佳答案
我知道如何根据您发布的输入文件生成您发布的输出,但也许这会帮助您走上正轨:
$ cat tst.awk
NR==1 { next }
$1 != prev { if (line!="") print prev line; line=""; prev=$1 }
{ line = line OFS $NF }
END { if (line!="") print prev line }
$ awk -f tst.awk file
111 0 1 0 2
关于python - Linux 将长格式转换为宽格式,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/35730605/