linux - 对不同文件夹中的文件执行 bash 脚本

Question

我在不同文件夹中有多个同名文件。我想对所有这些并行执行我的 bash 脚本。是否可以将它们放在单独的 .txt 文件或相同的 bash 脚本中并执行？即，

所有.tab文件

path/to/set1/my.bam
path/to/set2/my.bam
path/to/set3/my.bam

和一个 bash，

#!/usr/bin/env bash
#$ -q cluster_name
#$ -cwd
#$ -N job_name
#$ -e /path/to/log
#$ -o /path/to/log
#$ -l job_mem=16G
#$ -pe serial 4

PICARD="path/to/picard"
BAM="/path/to/all.tab"

echo "validating bam file"

$PICARD/picard.jar ValidateSamFile I=$BAM MODE=SUMMARY

因此它将启动多个作业以并行排队并在各自的文件夹中写入日志输出或其他输出文件。 如果有任何其他方式，我感谢任何帮助。 编辑:我将其调用为:qsub ./test.sh

Answer 1

您可以使用 find 命令以便首先“查找”目录结构中具有该给定名称的所有文件。

然后你可以使用 xargs 使用其“-P”选项以并行在查找的输出上运行命令。

参见 here了解更多详情。