我想使用 CoNIFER，这是一个用于生物信息学的 python 程序。
所以，因为我学院的规定，我为qsub写了一个脚本。
这是我的 qsub 脚本。我在 -- 前面插入了 enter 以显示清楚。
#!/bin/bash
#$ -N oh
#$ -cwd
cd /usr/etc/GRAPE_ENV/Python/
python /home/osj118/tools/conifer_v0.2.2/conifer.py rpkm
--probes/home/osj118/input/GBM/Gastric/Exome_probe/Exome_probe_capture_library_coordinate.txt
--input /scratch/Gastric_cell_bam/AGS_2.fastq.gz_Illumina_exome_Exome.RGadded.marked.realigned.fixed.recal.bam
--output /home/osj118/output/AGS_rpkm.txt
cd /home/osj118/pyscripts
CoNIFER 不工作并显示错误消息
ImportError: No module named argparse
我已经使用了 sys.append.path 函数，但它未能解决我的问题。
奇怪的是，当我运行批处理作业时，CoNIFER 工作正常，没有任何错误消息。
由于批处理作业违反规则，我想使用qsub在Linux服务器上工作。
请给我任何针对这种情况的解决方案。
最佳答案
这闻起来像 pythonpath 问题。 pythonpath 确定 python 可以在哪里找到所需的模块。如果您将 CoNIFER 连同它使用的包一起安装在一个目录中，那么只有当它们在 pythonpath 上时，Python 才会找到这些包。
您可以指定 pythonpath 如下:
export PYTHONPATH=/安装CoNIFER的目录
关于python - 在 Linux 服务器中使用 qsub 时如何导入 argparse？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/34764610/