python - subprocess.call 命令中的变量在运行时无法在命令行上识别，特别是文件

Question

我正在尝试通过 subprocess.call() 传递以下命令

command = ['htseq-count', '-t', 'miRNA', '-i', 'Name', f, annot_file, out_file]

运行时，我收到通知，htseq-count 需要至少 2 个参数，这意味着它无法识别命令中存在输入文件。

在运行时打印命令给出以下内容:

['htseq-count', '-t', 'miRNA', '-i', 'Name', 'KDRD1XX_ACAGTG_L001_R1_001_trimmedaligned.sam', 'hsa.gff3', 'KDRD1XX.htseq.sam']

这是正确的文件输入。

插入打印出来的命令(当然没有逗号和引号)效果很好，所以没有问题。

我之前在 subprocess.call() 中使用变量列表没有遇到任何问题，因此我们将不胜感激!

完整代码:

import sys
import subprocess
import os

annot_file='hsa.gff3'
dirs= os.listdir('.')

for f in dirs:
    if f.endswith("_trimmedaligned.sam"):

        of=f.split('_')
        outfile='>'+of[0]+'.htseq.sam'
        command=['htseq-count','-t','miRNA','-i','Name',f,annot_file, out_file] 
        #print(command)
        subprocess.call(command)

Answer 1

>是 shell 语法。这是redirection标准输出到文件。这意味着您需要使用 subprocess.call(command, shell=True) 在 shell 中运行该命令。

但是因为这需要仔细引用所有参数以防止 shell command injection ，我建议运行命令并保存 Python 的输出:

for f in dirs:
    if not f.endswith("_trimmedaligned.sam"):
        continue

    of=f.split('_')
    outfile=of[0]+'.htseq.sam'
    command = [
        'htseq-count',
        '-t',
        'miRNA',
        '-i',
        'Name',
        f,
        annot_file,
    ]

    process = subprocess.Popen(command,
                               stdout=subprocess.PIPE,
                               stderr=subprocess.PIPE)

    stdout, stderr = process.communicate()

    # Don't miss to check the exit status
    if process.returncode != 0:
        print("Ooops! Something went wrong!")

    # Write output file
    with open(out_file, 'wb') as fd:
        fd.write(stdout)

PS:上面的示例适用于小型输出文件。它将所有输出缓冲在内存中。如果输出文件达到合理的大小，您可以使用 poll() 流式传输命令的输出。就像这里描述的:https://stackoverflow.com/a/2716032/171318