linux - 在 Windows/Linux 中创建 Mac 包

Question

我自己努力制作一个r包。我按照 stackoverflow 上的上一个问题中的说明进行操作 how to develop package for layman 。以下是我根据上一个问题采取的步骤。

1. 在新的 R session 中运行 R 代码

   # random DNA function
   randDNA = function(n){
   paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "")
   }
   # DNA to RNA function
   dna2rna <- function(inputStr) {
     if (!is.character(inputStr))
       stop("need character input")
     is = toupper(inputStr)
     chartr("T", "U", is)
   }
   
   # complementary sequence function
   compSeq <-  function(inputStr){
    chartr("ACTG", "TGAC", inputStr)
    }
   
   # example data
   dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT")
   dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT")
   myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2)
   save(myseqdata, file = "myseqdata.RData")
   

2. 安装 Rtools安装R包utils

3. 在 R 中执行以下任务

   require(utils)
   package.skeleton(list = c("randDNA","dna2rna", "compSeq", "myseqdata"), 
   name = "dnatool",environment = .GlobalEnv, path = "c:", force = FALSE)
   

4. 在 Windows 7 中将系统环境变量路径编辑为以下内容

   C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin; 
   C:\Program Files\R\R-2.14.2\bin\x64; 
   

   (在命令行中输入>path来检查路径是否正确设置。

5. 复制步骤(3)中的文件夹 dnatool 并放入名为 rpackage 的新文件夹中，现在将目录更改为该文件夹(在 DOS 中)

   c: \ repackage>  R CMD build dnatool 
   c: \ repackage>  Rcmd build dnatool 
   

   编辑:我有时会得到 dnatool.zip，但有时会得到 dnatool.tar.gx

6. 在命令行 (DOS) 中检查软件包

   c: \ repackage> R CMD check dnatool
   

我能够在 Windows 中将其打包为“dnatool.zip”。

如何编译 MAC 或 unix 源代码？步骤有何不同？

Unix source:     dnatool.tar.gz
Mac OS X binary: dnatool.tgz

我需要Mac电脑来做吗？我有 linux virtualbox 并在其中安装了 ubuntu 吗？

编辑:

我应该使用以下命令从步骤 (3) 文件夹 dnatool 获取源代码二进制文件吗？

$ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool

Answer 1

使用R CMD build创建的包可以安装在其他操作系统类型上。即使您的包包含 R(c 或 c++)以外的源代码，情况也是如此。仅当您创建二进制发行版时(我认为通过将 --binary 添加到 r cmd 构建调用)，包才变得特定于平台。构建软件包所需的工具通常已经安装在 Linux 或 Mac 下。因此，如果您创建一个源代码发行版，它应该可以在所有主要发行版下运行。要创建 mac 二进制文件，您需要一台 mac，或者创建一个交叉编译器环境。第二种选择可能是一个很大的挑战，我说你可以给谷歌。请注意，如果您将包上传到 CRAN，所有包的构建都会为您完成。