Linux bash : Use awk(substr) to get parameters from file input

Question

我有一个像这样的 .txt 文件:

'SMb_TSS0303'   '171765'    '171864'    '-' 'NC_003078' 'SMb20154'  
'SMb_TSS0302'   '171758'    '171857'    '-' 'NC_003078' 'SMb20154'

我想提取以下内容作为参数:

-'中小企业'

-'171765'

-'171864'

-'-'(减号)

-> 需要不带引号的内容

我正在尝试在 shell 脚本中执行此操作:

#!/bin/sh
file=$1

cat "$1"|while read line; do
  echo "$line"
  parent=$(awk {'print substr($line,$0,5)'})
  echo "$parent"
done

echos 'SMb

据我了解 awk substr，我认为它会像这样工作:

substr(s, a, b)=>returns b number of chars from string s, starting at position a

首先，我不明白为什么我可以用 0-5 提取 'Smb，其次，我无法提取我需要的任何其他参数，因为移动开始不起作用。 例如。 $1,6 给出空的 echo 。我期望 Mb_TSS

期望的最终输出:

#!/bin/sh

file=$1

cat "$1"|while read line; do
  parent=$(awk {'print substr($line,$0,5)'})
  start=$(awk{'print subtrs($line,?,?')})
  end=$(awk{'print subtrs($line,?,?')})
  strand=$(awk{'print subtrs($line,?,?')})
done

echo "$parent"    -> echos SMb
echo "$start"     -> echos 171765
echo "$end"       -> echos 171864
echo "$strand"    -> echos -

我有一个假设，行中的项目被视为单个字符串或其他东西？也许我也错误地处理了文件解析，但我尝试的一切都不起作用。

Answer 1

真的不清楚你到底想做什么。但我至少可以帮助您使用 awk 语法:

while read -r line
do 
    parent=$(echo $line | awk '{print substr($1,2,3)}')
    start=$(echo $line | awk '{print substr($2,2,6)}')
    echo $parent
    echo $start
done < file

输出:

SMb
171765
SMb
171758

您应该能够弄清楚如何获取其余字段。

这是一种相当低效的方法，但根据问题中的信息，我目前无法提供更好的答案。