linux - 如何在 ssh 命令中使用长输入参数正确转义 qsub 命令？

Question

我有一个复杂的 qsub 命令要远程运行。

PROJECT_NAME_TEXT="TEST PROJECT"
PACK_ORGANIZATION="--source-organization \'MY, ORGANIZATION\'"
CONTACT_NAME="--contact-name \'Tom Riddle\'"
PROJECT_NAME_PACK="--project-name \"${PROJECT_NAME_TEXT}\""


INPUTARGS="${PACK_ORGANIZATION} ${CONTACT_NAME} ${PROJECT_NAME_PACK}"

ssh mycluster "qsub -v argv="$INPUTARGS" -l walltime=10:00:00 -l vmem=8GB -l nodes=1:ppn=4 /myscript_path/run.script" 

问题是远程集群无法识别 qsub 命令，它总是显示不正确的 qsub 命令，或者只是由于输入参数错误而始终在集群上排队。

肯定是转义问题，我的问题是如何正确转义上面的命令？

Answer 1

尝试使用 here-doc 执行此操作:您存在引号冲突(嵌套双引号是错误):

#!/bin/bash

PROJECT_NAME_TEXT="TEST PROJECT"
PACK_ORGANIZATION="--source-organization \'MY, ORGANIZATION\'"
CONTACT_NAME="--contact-name \'Tom Riddle\'"
PROJECT_NAME_PACK="--project-name \"${PROJECT_NAME_TEXT}\""


INPUTARGS="${PACK_ORGANIZATION} ${CONTACT_NAME} ${PROJECT_NAME_PACK}"

ssh mycluster <<EOF
qsub -v argv="$INPUTARGS" -l walltime=10:00:00 -l vmem=8GB -l nodes=1:ppn=4 /myscript_path/run.script
EOF

如您所见，here-docs 对于带引号的输入确实很有帮助。

参见man bash | less +/'Here Documents'

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来自您的评论:

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I used this method but it gives me "Pseudo-terminal will not be allocated because stdin is not a terminal."

您可以使用

忽略此警告

ssh mycluster <<EOF 2>/dev/null

(如果需要，请尝试使用 ssh 的 -t 开关)

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如果你有

-bash: line 2: EOF: command not found

我认为您遇到了复制粘贴问题。尝试删除所有结束行上的多余空格

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And it seems this method cannot pass local variable $INPUTARGS to the remote cluster

这似乎与您的 EOF 问题有关。

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$argv returns nothing on remote cluster

这是什么意思？ $argv 不是 bash 中的预定义变量。如果需要列出命令行参数，请使用预定义变量 $@

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最后一件事:确保您使用的是bash