linux - 遍历目录中的文件，创建输出文件，linux

Question

我试图遍历特定目录(称为序列)中的每个文件，并对每个文件执行两个函数。我知道函数('blastp' 和 'cat' 行)有效，因为我可以在单个文件上运行它们。通常我会有一个特定的文件名作为查询、输出等，但我正在尝试使用一个变量，以便循环可以处理许多文件。

(免责声明:我是编码新手。)我相信我在尝试在我的函数中使用我的文件名时遇到了严重的问题。事实上，我的代码将执行，但它会创建一堆额外的意外文件。这就是我打算让我的脚本执行的操作:

第 1 行:遍历“sequences”目录中的每个文件。 (如果有帮助，所有这些都以“.fa”结尾。)

第 3 行:将文件名识别为变量。 (我知道，我知道，我认为我做错了这件事。)

第 4 行:使用文件名作为“query”标志的参数运行 blastp 函数，始终使用“database.faa”作为“db”标志的参数，并将结果输出到一个新文件中与初始文件同名，但以“.txt”结尾。

第 5 行:将第 4 行的输出文件的一部分输出到与初始文件同名的新文件中，但末尾带有“_top_hits.txt”。

for sequence in ./sequences/{.,}*;
    do
            echo "$sequence";
            blastp -query $sequence -db database.faa -out ${sequence}.txt -evalue 1e-10 -outfmt 7
            cat ${sequence}.txt | awk '/hits found/{getline;print}' | grep -v "#">${sequence}_top_hits.txt
    done

当我运行这段代码时，它为我提供了从目录中的每个文件派生的六个新文件(它们都在同一个目录中 - 我更愿意将它们全部放在自己的文件夹中。我该怎么做？)。他们都是空的。它们的后缀是“.txt”、“.txt.txt”、“.txt_top_hits.txt”、“_top_hits.txt”、“_top_hits.txt.txt”和“_top_hits.txt_top_hits.txt”。

如果我可以提供任何进一步的信息来澄清任何事情，请告诉我。

Answer 1

如果您只对 *.fa 文件感兴趣，我会将您的输入限制为仅那些匹配的文件，如下所示:

for sequence in sequences/*.fa; 做