linux - 如何使 R 脚本从管道和用户给定的参数中获取输入

Question

我有以下 R 脚本 (myscript.r)

#!/usr/bin/env Rscript
dat <- read.table(file('stdin'), sep=" ",header=FALSE)
# do something with dat
# later with user given "param_1" 

使用该脚本，我们可以按以下方式运行它；

$ cat data_no_*.txt | ./myscript.r

我想做的是让脚本从用户那里获取额外的参数:

$ cat data_no_*.txt | ./myscript.r param_1

我应该如何修改 myscript.r 以适应它？

Answer 1

对于非常基本的用法，请查看 ?commandArgs。

对于更复杂的用法，两个流行的命令行参数和选项解析包是 getopt和 optparse .我一直在使用它们，它们完成了工作。我还看到 argparse , argparser , 和 GetoptLong但以前从未使用过它们。我错过了一个:德克建议你看看docopt这看起来非常好并且易​​于使用。

最后，由于您似乎是通过管道传递参数，您可能会发现这个 OpenRead()函数可用于概括您的代码并允许您的参数是管道或文件。

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我想测试 docopt，所以将它们放在一起，您的脚本可能如下所示:

#!/usr/bin/env Rscript

## Command-line parsing ##

'usage: my_prog.R [-v -m <msg>] <param> <file_arg> 

options:
 -v        verbose
 -m <msg>  Message' -> doc

library(docopt)
opts <- docopt(doc)

if (opts$v) print(str(opts)) 
if (!is.null(opts$message)) cat("MESSAGE: ", opts$m)

## File Read ##

OpenRead <- function(arg) {
   if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) {
      file("stdin", open = "r")
   } else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) {
      fifo(arg, open = "r")
   } else {
      file(arg, open = "r")
   }
}

dat.con <- OpenRead(opts$file_arg)
dat <- read.table(dat.con, sep = " ", header = FALSE)

# do something with dat and opts$param

你可以测试运行:

echo "1 2 3" | ./test.R -v -m HI param_1 -

或

./test.R -v -m HI param_1 some_file.txt