python - python中是否有任何采用距离矩阵的好的层次聚类包？

Question

我有一个由成对编辑距离组成的距离矩阵。我正在使用 scikits-learn。但是层次聚类算法不以距离矩阵作为聚类的输入。所以我必须寻找一个可以做到这一点的新包。

是否有任何用于层次聚类的快速且经过良好测试的软件包？

Answer 1

scipy.cluster.hierarchy.ward 函数(在不需要连接约束时用作 sklearn 的 Ward 的支持实现) 可以接受观测值和预先计算的距离(有关详细信息，请参阅 online documentation)。它只是尚未在 sklearn 的 API 中公开。