python - 在 r 中使用 igraph 导出图形

Question

我有一个大的 igraph 对象，它有几个边和顶点属性，我需要将它们写入文件并稍后再次加载(可能通过不同的程序，如 python)。

> g
IGRAPH DN-- 85000 1000000 -- 
+ attr: name (v/c), numeric_var (e/n), binary_outcome1 (e/x), binary_outcome2 (e/x)

那么我应该使用什么格式才能将所有边缘属性写入文件格式？

write.graph(g, file = "test1.fileextension",format = "which_format?")

非常感谢!

Answer 1

R igraph read.igraph 帮助文件中很好地记录了各种支持格式的优缺点:http://igraph.sourceforge.net/doc/R/read.graph.html . write.igraph 页面显示支持更多类型的输出

• Edge List 对您的需求来说太简单了
• Pajek 可能过于特定领域，并且与 GraphML
有一些类似的限制
• Dot 可能能够满足您的需求(引用:http://www.graphviz.org/Documentation/dotguide.pdf)
• GraphML 不会处理超图、嵌套图或混合(有向/无向)图。
• GML 表示“仅使用节点和边缘属性，并且仅当它们具有简单类型时:整数、实数或字符串。因此，如果属性是数组或记录，则它被忽略。如果只有属性的某些值很复杂，这也是正确的。”
• DL 可能对您不起作用。
• NCOL 是“简单的符号加权边列表”，所以它也很可能被淘汰。
• LGL 也太简单了，无法工作。
• DIMACS 没有您需要的额外信息。
• LEDA(我相信)只支持单个属性。
• GraphDB 也有局限性。

所以，我会试试 GraphML 和 GML。