python - 带有 mpl_toolkit.basemap 的 pcolormesh() 动画给出属性错误

Question

我正在尝试为 basemap map 上的一些密度数据制作动画。按照 [this SO question][1] 中的方法，我收到以下错误:

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/matplotlib/collections.pyc in update_scalarmappable(self)
    627         if self._A is None:
    628             return
--> 629         if self._A.ndim > 1:
    630             raise ValueError('Collections can only map rank 1 arrays')
    631         if not self.check_update("array"):

AttributeError: 'list' object has no attribute 'ndim'

如果我改为通过 self.quad.set_array(self.z.ravel()) 将 init() 中的数据设置为空值，我最终会得到两个没有动画数据的绘制 map 。

如果有人能指出我做错了什么，我们将不胜感激。谢谢!

示例代码:

def plot_pcolor(lons,lats):

    class UpdateQuad(object):

        def __init__(self,ax, map_object, lons, lats):
                self.ax = ax
                self.m  = map_object
                self.lons = lons
                self.lats = lats

                self.ydim, self.xdim = lons.shape

                self.z = np.zeros((self.ydim-1,self.xdim-1))

                x, y = self.m(lons, lats)
                self.quad = ax.pcolormesh(x, y, self.z, cmap=plt.cm.Reds)

        def init(self):
            print 'update init'
            self.quad.set_array([])
            return self.quad

        def __call__(self,i):

            data = np.zeros((self.ydim-1,self.xdim-1))

            for i in range(self.ydim-1):
                for j in range(self.xdim-1):
                    data[i,j]=random.random()+4

            self.quad.set_array(data.ravel())
            return self.quad

    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_axes([0.1,0.1,0.8,0.8])

    m = Basemap(width=2000000,height=2000000,
                resolution='l', projection='laea',\
                lat_ts=10.,\
                lat_0=64.,lon_0=10., ax=ax)

    m.fillcontinents()

    ud = UpdateQuad(ax, m, lons, lats)

    anim = animation.FuncAnimation(fig, ud, init_func=ud.init,
                                   frames=20,  blit=False)

    plt.show()

if __name__ == '__main__':
    import matplotlib.pyplot as plt
    import matplotlib.animation as animation
    from mpl_toolkits.basemap import Basemap
    import numpy as np
    import random

    lons = np.linspace(-5.,25., num = 25)[:50]
    lats = np.linspace(56., 71., num = 25)[:50]
    lons,lats =  np.meshgrid(lons,lats)

    plot_pcolor(lons,lats)

Answer 1

看起来 set_data 方法应该需要一个 ndarray(不确定为什么我遵循的示例可以正常工作)。

所以在 init() 函数中，你应该使用 quad.set_array(np.array([])) 而不是 quad.set_array([ ]).

其他需要注意的问题:

• 如前所述，您还需要在 FuncAnimation() 调用中设置 blit=False。

• 当我将四边形 artist 属性 animated 设置为 True 时，我也遇到了问题。保留原样(即 quad.set_animated(False)，这是默认设置)。

• 如果您在第一次调用 pcolormesh() 时没有通过 norm 指定边界，它将根据您传递的数据(在我的case null)，这导致我得到空白动画。根据稍后将在初始调用中设置动画的数据设置它们，在我的案例中避免了这个问题。

• pcolormesh() 获取数据字段的边界位置，在数据数组的 y 和 x 维度中应为 +1。如果数据数组等于(或大于)位置数据的维度，pcolormesh() 将忽略此边界要求之外的任何数据。我以为我的数据只会出现一个网格单元的偏移，但在我通过正确的边界位置之前一切都很糟糕。请参阅我的另一个问题以计算这些 HERE .

• 旧版本的 matplotlib 没有很好的错误报告。如果您愿意，我建议升级到最新版本。

一些随机故障排除:

更新 matplotlib 和 basemap 并尝试在我现有的绘图例程中实现它后，我收到以下错误:

ValueError: All values in the dash list must be positive

我最初以为它与我的 pcolormesh() 对象有关，但我花了很长时间才发现这是由于我之前设置的 dash 在我的 m.drawmeridians() 调用中为 dashes=[1,0] 设置实体子午线的属性。在新版本的 matplotlib 中 the handling of dashes was changed给出这个错误。为 dash 属性设置实线的新首选方法是 dashes=(None,None)，我不喜欢这种方法。

生成的动画:

上述输出的代码示例:

def plot_pcolor(lons,lats):

    class UpdateQuad(object):

        def __init__(self,ax, map_object, lons, lats):
            self.ax = ax
            self.m  = map_object
            self.lons = lons
            self.lats = lats
            vmin = 0
            vmax = 1
            self.ydim, self.xdim = lons.shape

            self.z = np.zeros((self.ydim-1,self.xdim-1))

            levels = MaxNLocator(nbins=15).tick_values(vmin,vmax)
            cmap = plt.cm.cool
            norm = BoundaryNorm(levels, ncolors=cmap.N, clip=True)
            x, y = self.m(lons, lats)

            self.quad = self.ax.pcolormesh(x, y, self.z, alpha=0.9,
                                           norm=norm, cmap=cmap,
                                           vmin=vmin, vmax=vmax)
        def init(self):
            print 'update init'
            self.quad.set_array(np.asarray([]))
            return self.quad

        def __call__(self,i):

            for i in range(self.ydim-1):
                for j in range(self.xdim-1):
                    self.z[i,j]=random.random()

            self.quad.set_array(self.z.ravel())

            return self.quad


    fig, ax = plt.subplots()

    m = Basemap(width=2000000,height=2000000,
                resolution='l', projection='laea',\
                lat_ts=10.,\
                lat_0=64.,lon_0=10., ax=ax)

    m.fillcontinents()

    ud = UpdateQuad(ax, m, lons, lats)

    anim = animation.FuncAnimation(fig, ud, init_func=ud.init,
                                   frames=20,  blit=False)

    fig.tight_layout()

    plt.show()

    return ud.quad

if __name__ == '__main__':
    import matplotlib.pyplot as plt
    import matplotlib.animation as animation
    from mpl_toolkits.basemap import Basemap
    import numpy as np
    import random
    from matplotlib.colors import BoundaryNorm
    from matplotlib.ticker import MaxNLocator

    lons = np.linspace(-5.,25., num = 25)[:50]
    lats = np.linspace(56., 71., num = 25)[:50]
    lons,lats =  np.meshgrid(lons,lats)

    quad = plot_pcolor(lons,lats)