python - 生成范围 (i, j) 之间的核苷酸 k-mers 的所有组合

我需要生成一个列表，其中包含长度在 5-15 之间的所有可能的核苷酸组合。

nucleotides = ['A', 'T', 'G', 'C']

预期结果:

AAAAA
AAAAT
AAAAC
AAAAG
AAATA
AAATT
...
AAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAT
etc.

我试过:

for i in range(5,16):
    for j in itertools.permutations(nucleotides, i):
        print j

但如果 len(nucleotides) < i 则这不起作用.

提前致谢!

最佳答案

如果你想找到所有的组合，你应该使用.product()作为.permutations()无论如何都不会产生像 AAAAA 或 AATGC 这样的重复核苷酸。试试这个:

for i in range(5, 16):
    combinations = itertools.product(*itertools.repeat(nucleotides, i))
    for j in combinations:
        print(j)

更新:正如@JaredGoguen 提到的，repeat 参数也可以在这里使用:

combinations = itertools.product(nucleotides, repeat=i)

关于python - 生成范围 (i, j) 之间的核苷酸 k-mers 的所有组合，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/36052202/