python - 使用 h5py 高级接口(interface)时如何设置缓存设置？

Question

我正在尝试增加我的 HDF5 文件的缓存大小，但它似乎不起作用。 这是我的:

import h5py

with h5py.File("test.h5", 'w') as fid:
        # cache settings of file
        cacheSettings = list(fid.id.get_access_plist().get_cache())
        print cacheSettings
        # increase cache
        cacheSettings[2] = int(5 * cacheSettings[2])
        print cacheSettings
        # read cache settings from file
        fid.id.get_access_plist().set_cache(*cacheSettings)
        print fid.id.get_access_plist().get_cache()

这是输出:

[0, 521, 1048576, 0.75]
[0, 521, 5242880, 0.75]
(0, 521, 1048576, 0.75)

知道为什么读取有效，但设置无效吗？
关闭并重新打开文件似乎也无济于事。

Answer 1

如果您使用的是 h5py 2.9.0 或更高版本，请参阅 Mike's answer .

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根据 the docs , get_access_plist() 返回文件访问属性列表的副本。因此，修改副本不会影响原件也就不足为奇了。

高级界面似乎没有提供更改缓存设置的方法。

这是使用低级接口(interface)的方法。

propfaid = h5py.h5p.create(h5py.h5p.FILE_ACCESS)
settings = list(propfaid.get_cache())
print(settings)
# [0, 521, 1048576, 0.75]

settings[2] *= 5
propfaid.set_cache(*settings)
settings = propfaid.get_cache()
print(settings)
# (0, 521, 5242880, 0.75)

上面创建了一个 PropFAID .然后我们可以打开文件并获得 FileID这样:

import contextlib
with contextlib.closing(h5py.h5f.open(
                        filename, flags=h5py.h5f.ACC_RDWR, fapl=propfaid)) as fid:
    # <h5py.h5f.FileID object at 0x9abc694>
    settings = list(fid.get_access_plist().get_cache())
    print(settings)
    # [0, 521, 5242880, 0.75]

我们可以使用 fid 通过将 fid 传递给 h5py.File 来使用高级接口(interface)打开文件:

    f = h5py.File(fid)
    print(f.id.get_access_plist().get_cache())
    # (0, 521, 5242880, 0.75)

因此，您仍然可以使用高级接口(interface)，但需要一些时间 摆弄到那里。另一方面，如果你将它提炼成最基本的东西，也许它还不错:

import h5py
import contextlib

filename = '/tmp/foo.hdf5'
propfaid = h5py.h5p.create(h5py.h5p.FILE_ACCESS)
settings = list(propfaid.get_cache())
settings[2] *= 5
propfaid.set_cache(*settings)
with contextlib.closing(h5py.h5f.open(filename, fapl=propfaid)) as fid:
    f = h5py.File(fid)