python - 从 bash 脚本中生成并执行 R、Python 等脚本

Question

一段时间以来，我一直在努力寻找解决方案，但还没有找到令人满意的解决方案。我写了很多 bash 脚本，但有时我想使用 R 或 Python 作为脚本的一部分。现在，我最终不得不编写两个脚本；执行前半部分任务的原始 bash 脚本，以及执行后半部分任务的 R 或 Python 脚本。我从 bash 脚本中调用 R/Python 脚本。

我对这个解决方案不满意，因为它将我的程序拆分为两个文件，这增加了事情不同步、需要跟踪更多文件等的可能性。有没有一种方法可以编写包含以下内容的文本 block 我的整个 R/Python 脚本，然后让 bash 将它输出到一个文件中并向它传递参数并执行它？有更简单的解决方案吗？这比将简单的一行代码传递给 R/Python 更复杂，因为它通常涉及通过几个步骤创建和操作对象。

Answer 1

可能有很多解决方案，但这个有效:

#!/bin/bash
## do stuff
R --slave <<EOF
  ## R code
  set.seed(101)
  rnorm($1)
EOF

如果您想灵活地将额外的 bash 参数传递给 R，我建议:

#!/bin/bash
## do stuff
R --slave --args $@ <<EOF
  ## R code
  set.seed(101)
  args <- as.numeric(commandArgs(trailingOnly=TRUE))
  do.call(rnorm,as.list(args))
EOF

• 这允许灵活数量的参数，但假设它们都是数字
• 它还假定所有参数都将从 bash 脚本传递到 R 子脚本

显然你可以放宽这些，例如按位置引用参数