我在安装 Python 包时遇到问题 rpy2 .我已经将 R 编译为共享库,但我没有管理员权限,所以我尝试使用以下命令安装 rpy2:
pip install -user rpy2
但是,我收到以下错误:
./rpy/rinterface/_rinterface.c:86:31: fatal error: readline/readline.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
我已经将 readline
下载到:
/some/path/readline-6.2/
我在哪里可以看到readline.h
(我还编译了readline
以防万一)
我的问题:
如何使用 readline.h
让 rpy2
(或 pip)知道这个位置以避免 header 编译错误?
最佳答案
您需要实际安装 readline,而不仅仅是下载它,然后使用 CFLAGS
和 LDFLAGS
将 rpy2
指向它。
试试这个方法。它几乎对我有用 - 我有同样的问题,除了 rpy2 似乎链接到系统 R 而不是我的 homedir 安装的额外皱纹。
首先,我将 readline 下载到 ~/src/readline-6.2
,并使用 ./configure --prefix=$HOME && make && make install
安装它。 (您需要将其安装在某处,而不仅仅是下载源代码。)
然后我重新编译了R
CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME --enable-BLAS-shlib --enable-R-shlib
make
make install
R 现在肯定正在使用该 readline:
$ ldd ~/lib64/R/lib/libR.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007f8104207000)
我在家里安装的 Python(3.2.3,因为 h5py 还不能在 3.3 上工作)也是如此:
CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME
make
make install
再一次:
$ ldd ~/lib/python3.2/lib-dynload/readline.cpython-32m.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007fbfff5c2000)
然后我下载了 rpy2 源代码并构建了它:
CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
python3 setup.py build --r-home $HOME/lib64/R install
这似乎是成功的,并且 ldd
ing site-packages/rpy2
中的 .so
链接到正确的 libreadline
...但是对于系统 R
,而不是我的,尽管显式 --r-home
。
关于python - 在没有管理员权限的情况下安装 rpy2,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/14794573/