python - 为什么 scipy.cluster.hierarchy.linkage 需要一个指标？

Question

我们需要传递一个距离矩阵，所以应该不需要计算任何额外的距离，对吧？我错过了什么？

此处的文档:http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.linkage.html

Answer 1

linkage 函数不需要metric 参数，除非您传入原始观察值而不是距离矩阵。

来自您发布的链接

y : ndarray
[...] Alternatively, a collection of m observation vectors in n dimensions may be passed as an m by n array.

linkage 函数会检查您是否传入了有效的距离矩阵 - 可以使用 is_valid_y 进行推测/is_valid_dm - 如果没有，它将首先应用 pdist 与您指定的指标(如果未指定任何内容，则应用欧几里得指标)。