python - Jupyter + rpy2 输出到命令提示符而不是笔记本单元格

Question

问题描述

每当在 Jupyter 笔记本中加载 rpy2 时，使用 %%R 单元魔术执行的 R 代码都会在命令提示符而不是笔记本单元中打印。不过，绘图会在笔记本中正确显示。

我还注意到 %R 内联魔法正常工作，代码按预期打印在单元格中。

安装步骤

1. Python 2.7.11::Anaconda 2.5.0(64 位)
2. 笔记本4.1.0通过pip安装
3. R 3.3.1 (x64) 位于程序文件中
4. rpy2-2.7.8-cp27-none-win_amd64.whl通过 pip 安装
5. 路径:
   • R_USER = C:\Users\myusername
   • R_HOME = C:\Program Files\R\R-3.3.1
   • 添加了 C:\Program Files\R\R-3.3.1\bin\i386

Answer 1

您可以使用 RWinOut木星扩展。以下安装说明摘自 GitHub 页面:

您可以从 Jupyter 笔记本单元运行以下 curl 命令，将文件下载到您的工作目录。您也可以手动下载并自己放置。

!curl -O "https://raw.githubusercontent.com/vitorcurtis/RWinOut/master/RWinOut.py"

一旦它进入您的工作目录，您可以将脚本顶部的 %load_ext rpy2.ipython 替换为 %load_ext RWinOut。然后您应该能够正常看到包含 %%R 魔法的单元格的输出。

这不是一个完整的解决方案，但它是一种可以达到相同效果的解决方法。我不确定这是否会破坏某些功能，但它对我来说似乎工作正常。

测试:

• Windows 10 v.1809 内部版本 17763.503
• python 3.7.2
• R 3.6.0
• rpy2 2.9.5

另一种选择是使用 Windows Subsystem for Linux并从那里启动你的 Jupyter notebook。如果您必须将大量 R 和 Python 包重新安装到不同的环境中，这可能是不可取的，但可以做到这一点，因此输出将正确打印，而不需要这种棘手的解决方法。