python - 如何将 vtkimage 转换为 numpy 数组

Question

我尝试用 python 和 python-vtk 处理 MHD 图像文件。该文件位于谷歌驱动器中:mhd .

我想把它转换成numpy数组，然后根据给定的值“例如500”拆分它们。然后计算汇总信息。我遵循了此
[post] How to convert a 3D vtkDataSet into a numpy array? 的说明
但它不适用于我的情况。

import vtk
imageReader = vtk.vtkMetaImageReader()
imageReader.SetFileName(testfile1)
imageReader.Update() 
# from vtk.util.numpy_support import numpy_to_vtk, vtk_to_numpy does not work for the data type issue

image = imageReader.GetOutput()
# List the dimensions of the image, for example
print image.GetDimensions()
pixelspace = imageReader.GetPixelSpacing()

这里出现错误:

AttributeError: GetPixelSpacing

如何实现转换？
当我完成数据拆分后，如何将它们保存回 mhd(或者原始数据会更好？)

Answer 1

适应 from this thread...您可以执行以下操作:

import numpy as np
import vtk
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

imr = vtk.vtkMetaImageReader()
imr.SetFileName('t10-Subvolume-resample_scale-1.mhd')
imr.Update()

im = imr.GetOutput()
rows, cols, _ = im.GetDimensions()
sc = im.GetPointData().GetScalars()
a = vtk_to_numpy(sc)
a = a.reshape(rows, cols, -1)

assert a.shape==im.GetDimensions()

其中 a 将是包含图像数据的 NumPy 数组。