python - 对于 python，安装 hdf5/netcdf4

Question

在 Linux Mint 17.1 上执行此操作。

当我尝试时:

pip install hdf5

我得到了错误

“找不到满足 hdf5 要求的版本(来自版本:) 找不到 hdf5 的匹配分布”

从长远来看，我正在尝试安装 netcdf4，但在安装 hdf5 之前无法安装。据说从上周我尝试使用 netcdf4 开始，我应该使用 pip install netcdf4，错误的 hdf5...至少在 hdf5 的情况下可能是这样。

如果我尝试 pip install h5py 我会收到这样的消息:

要求已经满足(使用 --upgrade 升级):./anaconda3/lib/python3.5/site-packages 中的 h5py 要求已经满足(使用 --upgrade 升级):./anaconda3/lib/python3.5/site-packages 中的 numpy>=1.6.1(来自 h5py) 要求已经满足(使用 --upgrade 升级):./anaconda3/lib/python3.5/site-packages 中的六个(来自 h5py)

然而，如果我继续尝试 pip install netcdf4，它会出现并说:

收集 netcdf4 使用缓存的 netCDF4-1.2.3.1.tar.gz 命令 python setup.py egg_info 的完整输出: 在 pkg-config 搜索路径中找不到包 hdf5。 也许你应该添加包含hdf5.pc'的目录 到 PKG_CONFIG_PATH 环境变量 找不到软件包“hdf5” 发现 cython 版本 0.23.4 ... 从 setup.cfg 读取...

HDF5_DIR environment variable not set, checking some standard locations ..
checking /home/meant2b ...
checking /usr/local ...
checking /sw ...
checking /opt ...
checking /opt/local ...
checking /usr ...
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/tmp/pip-build-pq3yt4ek/netcdf4/setup.py", line 286, in <module>
    raise ValueError('did not find HDF5 headers')
ValueError: did not find HDF5 headers

----------------------------------------

命令“python setup.py egg_info”在/tmp/pip-build-pq3yt4ek/netcdf4/` 中失败，错误代码为 1

当我搜索文件时，我没有找到 hdf5.pc 文件。

h5py 和 hdf5 有区别吗？我必须从单个文件编译和安装 hdf5 还是可以 pip 安装。

我需要做什么才能同时安装 hdf5 和 netcdf4？

Answer 1

您需要为您的 Linux 发行版安装 HDF5 库。在 Ubuntu 中是:

sudo apt-get install libhdf5-serial-dev netcdf-bin libnetcdf-dev

参见 this link .