python - 从pymol中的笛卡尔坐标绘制彩色球体

Question

我在 wiki 中查看如何转换有关珠子、笛卡尔坐标 + 能量的以下信息:

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 ......

在 pymol 中绘制，其中每个原子包含一个半径为 R 的球体，以其坐标为中心，颜色呈彩虹渐变。

谢谢

Answer 1

您渲染的内容实际上与分子结构有任何关系吗(即使用 PyMol 的动机是什么)？

如果您正在绘制一些分子结构，我建议只输出一个带有球体坐标的自定义 PDB 文件(您可以使用每个 ATOM 行的 B 因子字段作为在 PyMol 中控制每个原子着色的方法)。

如果您不绘制分子结构，最好使用 PyMol 的 CGO 界面。

来自 PyMol 文档:

CGO spheres are generated by the SPHERE command.

SPHERE, x,y,z,d

where x,y,z are the coordinates of the sphere centre and d is the diameter of the sphere. Note how a COLOR command is used to set the colour of a sphere. As with LINES you only need a COLOR command when the colour of the next sphere to be drawn changes.

一个简单的例子:

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)