我建立了一个 blast 本地数据库。但是，当我运行 blastn 命令时，我收到了这条错误消息:
T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp", line 170: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::DiscoverStatType() - could not open
T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp", line 271: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::create() - could not create a unit counts container
我正在使用此命令创建 blast 本地数据库:
makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl
这是我执行 blastn 的命令:
blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt
任何帮助将不胜感激..谢谢
最佳答案
看来您需要先创建 WindowMasker 文件:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/
具体来说，链接内容提到了第 1 步:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1
关于c++ - blast 无法创建单位计数容器，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/40275255/